Podstawowe informacje

• Mechanizm Modules umożliwia łatwą i dynamiczną modyfikację zmiennych powłoki (ścieżki wyszukiwania aplikacji itp.) dostosowując ją do specyficznych wymagań danego pakietu oprogramowania.

• Dla każdego z pakietów oprogramowania dostępnego w Infrastrukturze PLGrid zdefiniowano odpowiadający mu moduł (lub moduły, jeśli istnieje więcej niż jedna wersja danego pakietu).

Komenda module

Dla komendy module należy podać parametr określający akcję. Najczęściej wykorzystywane opcje to:

• module add <moduł> lub module load <moduł> – załadowanie modułu danego programu
• module rm <moduł> lub module unload <moduł> – usunięcie modułu danego programu
• module list – wyświetlenie listy aktualnie załadowanych modułów
• module avail – wyświetla listę wszystkich dostępnych modułów
• module avail <nazwa> – wyświetla listę wszystkich dostępnych wersji oprogramowania o nazwie rozpoczynającej się od <nazwa>
• module purge – usunięcie wszystkich załadowanych modułów
• module show <moduł> lub module display <moduł> – wyświetl informacje nt. danego modułu
• module switch <moduł-1> <moduł-2> – wymiana modułów w powłoce

Schemat nazw modułów

Nazwy modułów dla aplikacji naukowych budowane są według schematu plgrid/apps/nazwa-programu/wersja.

W przypadku bibliotek schemat ma postać plgrid/libs/nazwa-biblioteki/wersja, a dla programów narzędziowych (np. język oprogramowania Python) plgrid/tools/nazwa-narzedzia/wersja.

Zarówno dla pakietów oprogramowania jak i bibliotek przygotowano wersję też domyślną i przy jej ładowaniu ostatni człon modułu (tj. wersję) można pominąć.

Przykładowe użycie

• Załadowanie domyślnej wersji kompilatora Intel

  module add plgrid/tools/intel

• Załadowanie kompilatora Intel w wersji 13.0

  module add plgrid/tools/intel/13.0

• Spis wszystkich dostępnych wersji kompilatorów Intel

  module avail plgrid/tools/intel

• Zamiana wersji Matlab z wersji R2012b na R2013b

  module switch plgrid/apps/matlab/R2012b plgrid/apps/matlab/R2013b 

• Usunięcie ścieżek do kompilatora Intel w wersji 13.0 z środowiska

  module rm plgrid/tools/intel/13.0

• Przykładowy skrypt PBS wykorzystujący polecenie Module do załadowania programu Matlab w domyślnej wersji i wykonania obliczeń zawartych w pliku matlab.m (skrypt to matlab.pbs)

  #!/bin/sh
  #przykladowe opcje dla polecenia qsub
  #PBS -l walltime=5:00
  #PBS -l mem=1gb
  #PBS -q plgrid-testing
   
  #przejdz do katalogu na pliki tymczasowe zadania
  cd $TMPDIR
  
  #ustaw srodowisko uruchomieniowe dla Matlab w wersji domyslnej
  module add plgrid/apps/matlab
   
  #uruchom program
  matlab < $PBS_O_WORKDIR/matlab.m > $PBS_O_WORKDIR/matlab.out
  
  #skasuj katalog tymczasowy:
  rm -rf $TMPDIR

Uwagi 

• Zaleca się ładować moduły jedynie w skryptach obliczeniowych, a nie w skryptach uruchamianych przy logowaniu na maszynę dostępową lub węzeł obliczeniowy. Dzięki temu łatwiej kontrolować środowisko uruchomieniowe oprogramowania, które ma zostać użyte oraz uniknąć konfliktów pomiędzy załadowanymi modułami.

• Komenda module avail <nazwa> znajduje jedynie moduły zaczynające się od ciągu znaków <nazwa> dlatego, jeżeli poszukuje się modułów zawierających gdziekolwiek ciąg <nazwa> należy wykonać polecenie

  module avail 2>&1 | grep nazwa

Wykorzystanie własnych modułów (Zaawansowane) 

System Modules umożliwia również tworzenie własnych modułów. W tym celu należy załadować moduł use.own. Przy pierwszym załadowaniu modułu use.own zostanie założona w katalogu domowym użytkownika kartoteka privatemodules. W niej należy umieszczać własne moduły. Program modules automatycznie sprawdzi nowe zainstalowane moduły i doda je do listy dostępnych. W modułach można wykorzystywać funkcje języka Tcl. Informacje jak tworzyć własne moduły znajdują się na stronie pakietu Modules.