Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Comment: małe zmiany, dodanie odnośników do Lmod

...

  • Załadowanie domyślnej wersji kompilatora Intel

    Code Block
    languagebash
    module add plgrid/tools/intel
  • Załadowanie kompilatora Intel w wersji 13.0

    Code Block
    languagebash
    module add plgrid/tools/intel/13.0
  • Spis wszystkich dostępnych wersji kompilatorów Intel

    Code Block
    languagebash
    module avail plgrid/tools/intel
  • Zamiana wersji Matlab z wersji R2012b na R2013b

    Code Block
    languagebash
    module switch plgrid/apps/matlab/R2012b plgrid/apps/matlab/R2013b 
  • Usunięcie ścieżek do kompilatora Intel w wersji 13.0 z środowiska

    Code Block
    languagebash
    module addrm plgrid/tools/intel/13.0
  • Przykładowy skrypt PBS wykorzystujący polecenie Module do załadowania programu Matlab w domyślnej wersji i wykonania obliczeń zawartych w pliku matlab.m (skrypt to matlab.pbs)

    Code Block
    languagebash
    #!/bin/sh
    #przykladowe opcje dla polecenia qsub
    #PBS -l walltime=5:00
    #PBS -l mem=1gb
    #PBS -q plgrid-testing
     
    #przejdz do katalogu na pliki tymczasowe zadania
    cd $TMPDIR
    
    #ustaw srodowisko uruchomieniowe dla Matlab w wersji domyslnej
    module add plgrid/apps/matlab
     
    #uruchom program
    matlab < $PBS_O_WORKDIR/matlab.m > $PBS_O_WORKDIR/matlab.out
    
    #skasuj katalog tymczasowy:
    rm -rf $TMPDIR
Info

Strona pakietu Modules: http://modules.sourceforge.net/
Dokumentacja pakietu Modules: http://modules.sourceforge.net/man/modulefile.html
Dokumentacja pakietu Lmod wykorzystywanego na klastrze Prometheus: http://lmod.readthedocs.io oraz https://www.tacc.utexas.edu/research-development/tacc-projects/lmod/user-guide

Uwagi 

  • Zaleca się ładować moduły jedynie w skryptach obliczeniowych, a nie w skryptach uruchamianych przy logowaniu na maszynę dostępową lub węzeł obliczeniowy. Dzięki temu łatwiej kontrolować środowisko uruchomieniowe oprogramowania, które ma zostać użyte oraz uniknąć konfliktów pomiędzy załadowanymi modułami.

  • Komenda module avail <nazwa> znajduje jedynie moduły zaczynające się od ciągu znaków <nazwa> dlatego, jeżeli poszukuje się modułów zawierających gdziekolwiek ciąg <nazwa> należy wykonać polecenie

    Code Block
    languagebash
    module avail 2>&1 | grep nazwa

...