Konfiguracja definiująca pracę modułów zależy od rozwiązania konkretnego modułu i opisana jest razem z opisem modułu. W szczególności niektóre moduły nie wymagają konfiguracji. W większości modułów przyjęto zasadę, że konfiguracja trzymana jest w pliku xml, którego nazwa jest związane z nawa modułu, ale są odstępstwa od tej zasady. Listę plików konfiguracyjnych zawiera tabela w rozdziale Lista wtyczek SWIP.
Część modułów posiada funkcje umożliwiające definiowanie ich parametrów. W pozostałych można zmienić konfigurację edytując pliki konfiguracyjne modułu. Należy przy tym pamiętać, że w przypadku błędów w niektórych plikach konfiguracyjnych istniejące parametry mogą być zignorowane i podmienione na wartości domyślne.
W przypadku braku pliku konfiguracyjnego, część modułów tworzy pliki konfiguracyjne, które można później zmodyfikować. W przypadku modułów, których parametry są istotne przy braku konfiguracji, tworzone są pliku tmp, które należy zmodyfikować i zmienić rozszerzenie na xml, aby można było uruchomić moduł.
Konfiguracja jest na ogół czytana w momencie uruchomienia modułu, ale jest kilka modułów, których konfiguracja jest czytana w momencie uruchomienia programu. W takim przypadku po zmianie konfiguracji należy restartować program.
Każdy region ma ma własne pliki z konfiguracjami modułów. Są one trzymane w katalogu 'Config', podkatalogu 'Region ......', gdzie ...... jest nazwą regionu. W danych przykładowych (patrz https://git.plgrid.pl/projects/SWIP/repos/swip5_example/browse/Config) jest zdefiniowany region "Song Tranh 2" zawierający konfiguracje wielu modułów.