Versions Compared

Old Version 9

changes.mady.by.user Unknown User (plgpiontek)

Saved on

compared with

New Version Current

changes.mady.by.user Unknown User (plgpiontek)

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Note

Wszystkie przykłady prezentowane na tej stronie mają na celu przedstawienie możliwego opisu zadania dla danej aplikacji.

Nie stanowią rekomendacji i są tylko przykładami, które można dowolnie rozszerzać i modyfikować.

W większości przypadków do uruchomienia tych zadań konieczne są pliki wejściowe, które nie są tu dostarczane.

 

Table of Contents
maxLevel3
classmenu-right

 

Aplikacja Abaqus

Code Block
#QCG host=bem
#wymaganie pamieci w mb
#QCG memory=2000
#liczba wezlow/rdzeni
#QCG nodes=1:4

#QCG application=abaqus
#QCG argument=design.inp
#QCG stage-in-file=design.inp

#QCG stage-out-dir= . -> abaqus-results-${JOB_ID}
#QCG output=output.${JOB_ID}
#QCG error=error.${JOB_ID}

 

Aplikacji ABINIT

Code Block
#QCG queue=plgrid-long
#QCG note=4QLsTi+Ni_h3
#QCG output=myjob.log
#QCG error=myjob.error
#QCG stage-in-file=Bi2Se3.in
#QCG stage-in-file=Bi2Se3x.files
#QCG stage-in-file=34se.6.hgh
#QCG stage-in-file=83bi.5.hgh
#QCG stage-in-file=22ti.4.hgh
#QCG stage-in-file=28ni.10.hgh
#QCG stage-out-dir=. -> results-${JOB_ID}
#QCG nodes=1:8
#QCG memory=12000
#QCG host=hydra
#QCG walltime=P7D
#QCG application=abinit
#QCG argument=Bi2Se3x.files
#QCG grant=moj_grant

...

Code Block
 #!/bin/bash
 
#QCG queue=plgrid-long
#QCG walltime=P4D
#QCG note=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton
#QCG output=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton.output
#QCG error=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton.error
#QCG stage-in-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton.inp -> nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton.inp
#QCG stage-out-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton.log -> outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton.log
#QCG nodes=2:12
#QCG memory=16000
#QCG host=galeratryton
#QCG application=gamess
#QCG argument=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galeratryton.inp
 

Aplikacja GAUSSIAN

Code Block
#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar 
#QCG nodes=1:12
#QCG host=galeratryton.task.gda.pl
#QCG persistent
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl
#QCG memory=15360

#QCG preprocess=echo START
#QCG application=g09
#QCG argument=etanal.gjf 
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

...

Code Block
#QCG note=NAMD apoa1
#QCG name=ex_1                                                            
#QCG host=hydra.icm.edu.pl                                                
#QCG walltime=PT10M                                                       
#QCG queue=plgrid                                                         
#QCG nodes=1:12:12                                                        
#QCG persistent                                                           
#QCG output=apoa1.output                                                  
#QCG error=apoa1.error                                                    
#QCG application=NAMD                                                     
#QCG argument=apoa1/apoa1.namd                                            
#QCG stage-in-file=apoa1.zip                                              
#QCG preprocess=unzip apoa1.zip                                           
#QCG stage-out-dir=. -> results                                        
#QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@plgrid.pl  
#QCG watch-output=mailto:tp@mail,20,ENERGY

...

Code Block
#QCG note=CPminV04_mpi1024
#QCG host=galeratryton.task.gda.pl
#QCG nodes=4:12:2
#QCG queue=plgrid
#QCG stage-in-dir=.->.
#QCG stage-in-file=../minV04
#QCG stage-out-dir=outdata
#QCG stage-out-file=log
module load openmpi
mpirun -machinefile $QCG_NODEFILE --cpus-per-proc 6 --bysocket  ./minV04 > log

Zadanie parametryczne

Code Block
#!/bin/bash

#QCG walltime=PT5M

#QCG parameter-sweep=MONTH->list:Jan,Feb
#QCG parameter-sweep=DAY->for:0..10..5

#QCG output=${JOB_ID}.output 

echo ${JOB_ID} parameters: MONTH=${MONTH}   DAY=${DAY}