Użytkownik, który chce zlecać obliczenia za pośrednictwem gLite, powinien aktywować usługę Globalny dostęp gLite.

Ogólne kroki aktywacji usług opisane są w osobnym rozdziale.

Maszyny dostępowe

Posiadając aktywny dostęp do usługi gLite w wybranym ośrodku (Dostęp do UI) użytkownik możne logować się na jej komputer dostępowy. Logowanie dokładnie opisano w osobnym rozdziale. W skrócie, na komputerze z systemem operacyjnym typu Unix należy wykonać polecenie (pamiętając o podmianie plgkowalski na nazwę swojego konta, a ui.plgrid.icm.edu.pl na nazwę jednej z maszyn wymienionych powyżej):

ssh plgkowalski@ui.plgrid.icm.edu.pl

Po zalogowaniu użytkownik ma możliwość korzystania z poleceń linii komend pozwalających na m.in. zarządzanie zadaniami i danymi w gridzie.

JDL (Job Description Language)

JDL - język, który służy do opisu zadania obliczeniowego. Pliki JDL zawierają informacje potrzebne dla Resource Brokera:

• Typ zadania (szeregowe/równoległe),
• Jakie zasoby są potrzebne do wykonania zadania (ile procesorów potrzebuje zadanie, jakie są pliki wejściowe, wyjściowe),
• Gdzie można znaleźć plik wykonywalny,

• Każda linia musi być zakończona znakiem ";", po którym nie może już nic występować.

Prosty plik job.jdl,

$ cat job.jdl
Executable = "/bin/hostname";
Arguments = "-f";
StdOutput = "job.out";
StdError = "job.err";
OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};

gdzie:

Executable #plik wykonywalny
Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego
StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT
StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR
OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania

Dodatkowo w pliku jdl możemy zdefiniować

• wymuszenie liczenia zadania na konkretnym CEId

Requirements = other.GlueCEUniqueID == "CEId";

• rodzaj zadania Normal lub MPICH

JobType = "Normal";

JobType = "MPICH";
NodeNumber = 4;

• wysyłane pliki na klaster; pliki w "" oddzielone ’,’

InputSandbox = {"test.sh", "fileA", "fileB", ...};

Zlecenie zadania gridowego

Po zarejestrowaniu się w vo.plgrid.pl użytkownik może wysłać zadanie testowe.
W wybranym edytorze przygotuj plik job.jdl, który można umieścić/skopiować na maszynie dostępowej gLite (np. ui.cyf-kr.edu.pl)

Prosty plik job.jdl

$ cat job.jdl
Executable = "/bin/hostname";
Arguments = "-f";
StdOutput = "job.out";
StdError = "job.err";
OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};

gdzie:

Executable #plik wykonywalny
Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego
StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT
StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR
OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania

Tworzenie proxy

Podstawowym poleceniem do generowania certyfikatu proxy dla użytkowników PLGrid jest:

$ voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl

Certyfikaty proxy na UI z KeyFS

Jeśli użytkownik wyeksportował swój klucz prywatny i certyfikat do bazy LDAP PLGrid (a dzieje się to automatycznie dla ostatnio zarejestrowanego certyfikatu w portalu), to ma je dostępne na dowolnym UI ze skonfigurowanym mechanizmem keyFS. Aby wygenerować certyfikat proxy na UI korzystając z keyFS, należy użyć polecenia voms-proxy-init:

voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl

Aby wygenerować certyfikat proxy korzystając z klucza prywatnego i certyfikatu lokalnie (znajdujących się w katalogu $HOME/.globus), bez keyFS, należy wskazać jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu local:

creds local

a następnie użyć voms-proxy-init:

voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl

Jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu na UI z zainstalowanym keyFS domyślnie ustawiony jest keyFS.

Aby ustawić ponowne keyFS jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu, należy wydać polecenie:

creds keyfs

Certyfikat proxy na UI bez keyFS

Aby wygenerować certyfikat proxy na UI bez keyFS, należy do katalogu $HOME/.globus skopiować poświadczenia użytkownika (certyfikat i klucz prywatny) w jednej z poniższych postaci:

1. pliki: usercert.pem i userkey.pem

2. paczka usercred.p12

Jeżeli użytkownik korzysta z certyfikatu SimpleCA wygenerowanego w portalu PLGrid (kontener .p12, zawierający: certyfikat CA, certyfikat użytkownika i jego klucz prywatny), należy dokonać jednej z poniższych operacji:

1. z kontenera .p12 wyciągnąć pliki usercert.pem i userkey.pem według instrukcji zamieszczonej w sekcji Certyfikaty -> Konwersja certyfikatu -> sekcja PKCS12 → PEM.
2. wykonać punkt 1. oraz uzyskane pliki przekonwertować do postaci usercred.p12 według instrukcji zamieszczonej w sekcji Certyfikaty -> Konwersja certyfikatu -> sekcja PEM → PKCS12.

Następnie należy użyć polecenia voms-proxy-init:

voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl 

Wysłanie zadania

$ glite-wms-job-submit -a job.jdl

Connecting to the service https://rb1.cyf-kr.edu.pl:7443/glite_wms_wmproxy_server


====================== glite-wms-job-submit Success ======================

The job has been successfully submitted to the WMProxy
Your job identifier is:

https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/AgP9eWoJf0l4YMiESWrRow

==========================================================================

Sprawdzenie statusu wysłanego zadania, wykorzystując przydzielony identyfikator

$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q


*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:

Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status:     Waiting
Submitted:          Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************

Powtarzanie powyższej komendy pozwala zaobserwować zmieniający się status zadania

Current Status:     Ready
Current Status:     Scheduled
Current Status:     Running

Ostatecznie powinniśmy otrzymać informację o prawidłowym zakończeniu obliczeń

$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q


*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:

Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status:     Done (Success)
Exit code:          0
Status Reason:      Job terminated successfully
Destination:        ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
Submitted:          Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************

Zebranie wyników zadania

Otrzymane pliki można np. ściągnąć na maszynę dostępową do katalogu output *

$ glite-wms-job-output --dir output https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q

Connecting to the service https://149.156.9.29:7443/glite_wms_wmproxy_server


================================================================================

                        JOB GET OUTPUT OUTCOME

Output sandbox files for the job:
https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
have been successfully retrieved and stored in the directory:
/home/people/.../.../job1/output

================================================================================

$ cd output/
$ ls
job.err  job.out

Dalsze informacje

Po dalsze informacje na temat korzystania z gLite zapraszamy do następnego rozdziału.