Materiały: VASP Obliczenia

Krótki opis usługi

Usługa przewidziana jest dla wszystkich osób pracujących z programem VASP i posiadających ważne licencje na ten program. Daje ona możliwość zlecania zadań na pomocą przeglądarki internetowej. Usługa oparta jest o pracę z portalem UNICORE. Dzięki temu rozwiązaniu użytkownik otrzymuje dostęp do infrastruktury jedynie za pomocą loginu i hasła. Usługa umożliwia przyjazne zlecanie zadań dzięki przejrzystemu graficznemu formularzowi.

Aktywowanie usługi

Aby aktywować usługę należy:

• zarejestrować się w portalu PLGrid i założyć konto użytkownika (patrz: Pierwsze kroki),
• zalogować się do portalu i założyć grant obliczeniowy (w przypadku jeśli nie chcemy korzystać z niewielkiego grantu osobistego),
• zawnioskować o aktywacje usługi VASP - Obliczenia,
• przedstawić wymaganą licencję dla programu VASP.

Pierwsze kroki

Po aktywacji usługi można z niej skorzystać logując się do portalu UNICORE. W spisie modułów po lewej stronie należy wybrać zakładkę VASP. Mamy wówczas dostępny panel dedykowany do zlecania zadań w programie VASP widoczny na poniższym obrazku (należy kliknąć w celu powiększenia).

Panel użytkowników usługi VASP - Obliczenia składa się z trzech części:

• u góry widzimy listę dotychczas przeprowadzonych obliczeń wraz z ich statusem oraz czasem zlecenia,
• w dolnej części, po prawej, widzimy dane potrzebne do specyfikacji zadania podczas zlecania obliczeń,
• po lewej stronie mamy zakładki umożliwiające edycję czterech podstawowych plików wejściowych dla programu VASP.

W każdej chwili możemy podejrzeć katalog dowolnych obliczeń wyświetlonych powyżej (niezależnie od aktualnego statusu). Należy w tym celu wybrać ikonkę Open job directory znajdującą się w prawym górnym rogu całego widoku. Dodatkowo umiejscowione są tam jeszcze przyciski odświeżenia listy obliczeń oraz usunięcia zaznaczonych.

Dane wejściowe

Program VASP potrzebuje czterech plików wejściowych, aby przeprowadzić obliczenia. Są to:

• INCAR zawierający parametry obliczeń (przykładowy plik INCAR),
• KPOINTS zawierający parametry siatki wykorzystywanej podczas obliczeń (przykładowy plik KPOINTS),
• POSCAR zawierający m.in. geometrię przestrzenną z ewentualnymi wartościami początkowymi (przykładowy plik POSCAR),
• POTCAR zawierajacy parametery atomów cząsteczki wykorzystywanej w obliczeniach (przykładowy plik POTCAR).

Podział na pliki ma swoje odzwierciedlenie w panelu usługi, gdzie każdy z plików konfigurowany jest w osobnej zakładce. W każdym z nich możliwe jest:

• wklejenie zawartości pliku wykorzystywanego w obliczeniach w polu tekstowym,
• wybór pliku znajdującego się na gridzie (czyli w dowolnej z udostępnionych przez UNICORE przestrzeni dyskowych),
• wgranie własnego pliku na dowolną z powyższych przestrzeni dyskowych.

W przypadku ostatniej opcji wymagany jest wcześniejszy wybór katalogu docelowego, a dopiero potem możliwe jest przesłanie lokalnego pliku. Po udanym zapisaniu pliku pole tekstowe Grid File zostanie automatycznie uzupełnione zdalnym adresem wgranego pliku.

Zlecenie obliczeń

W widoku usługi VASP Obliczenia użytkownik posiada do dyspozycji przycisk Submit VASP Simulation, który zleca przeprowadzenie obliczeń na infrastrukturze PLGrid. Użytkownik ma możliwość ustawienia następujących parametrów prezentowanych przez powyższe obrazki:

• nazwa symulacji widoczna na liście obliczeń użytkownika,
• nazwa grantu wykorzystywanego w trakcie obliczeń,
• wybór kolejki w zależności od szacowanego czasu obliczeń,
• wielkość pamięci na poszczególnych węzłach oraz liczbę węzłów oraz procesorów na poszczególny węzeł.

Wyniki obliczeń

Po udanym zakończeniu symulacji na górnej liście obliczeń (po jej uprzednim odświeżeniu przyciskiem w prawym górnym rogu) powinniśmy posiadać kolejny wpis ze statusem oznaczającym sukces. Możemy wówczas przejrzeć katalog zadania z wynikowymi plikami i pobrać te, które nas interesują.

Dla użytkownika programu VASP niewątpliwie jednym z ciekawszych plików jest OUTCAR, który posiada zarówno energię końcową obliczeń oraz wynikową strukturę przestrzenną. Poniżej prezentujemy obrazki przedstawiające podgląd tekstowy pliku, a także graficzną wizualizację cząsteczki po jej uprzednim pobraniu z wykorzystaniem darmowego programu Jmol.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Po udanym przeprowadzeniu przykładowych powyżej obliczeń, czas na własne eksperymenty. Dodatkowe informacje o portalu UNICORE można znaleźć w sekcji UNICORE Portal. W przypadku samych parametrów aplikacji VASP, należy zapoznać się ze stroną internetową www.vasp.at.

W razie problemów oczywiście służymy pomocą. Wystarczy skorzystać z Helpdesku zaznaczając w nim kolejkę UNICORE.