Krótki opis usługi
Usługa przewidziana jest dla wszystkich osób pracujących z programem VASP i posiadających ważne licencje na ten program. Usługa daje możliwość zlecania zadań na pomocą przeglądarki internetowej. Usługa oparta jest o pracę z portalem UNICORE. Dzięki temu rozwiązaniu użytkownik otrzymuje dostęp do infrastruktury jedynie za pomocą loginu i hasła. Usługa umożliwia przyjazne zlecanie zadań dzięki przejrzystemu graficznemu formularzowi.
Aktywowanie usługi
Aby aktywować usługę należy:
- Zarejestrować się w portalu PL-Grid i założyć konto użytkownika (Pierwsze kroki)
- Zalogować się do portalu
- Założyć grant obliczeniowy
- Zawnioskować o aktywacje usługi
- Przedstawić licencję na VASP-a
Pierwsze kroki
Po aktywacji usługi można z niej skorzystać logując się do portalu UNICORE. W spisie modułów po lewej stronie należy wybrać zakładkę VASP. Wówczas mamy dostępny panel dedykowany do zlecania zadań w programie VASP widoczny na poniższym obrazku (należy kliknąć w celu powiększenia).
Panel użytkowników usługi VASP - Obliczenia składa się z trzech części:
- u góry widzimy listę dotychczas przeprowadzonych obliczeń wraz z ich statusem oraz czasem zlecenia,
- w dolnej części po prawej widzimy dane potrzebne do specyfikacji zadania podczas zlecania obliczeń,
- natomiast po lewej stronie mamy zakładki umożliwiające edycję czterech podstawowych plików wejściowych dla programu VASP.
W dowolnej chwili możemy podejrzeć katalog dowolnych obliczeń wyświetlonych powyżej niezależnie od aktualnego statusu. Należy w tym celu wybrać ikonkę Open job directory znajdującą się w prawym górnym rogu całego widoku. Dodatkowo są tam jeszcze przyciski odświeżenia listy obliczeń oraz usunięcia zaznaczonych.
Dane wejściowe
Program VASP potrzebuje czterech plików wejściowych, aby przeprowadzić obliczenia. Są to:
- INCAR zawierający parametry obliczeń (przykładowy plik INCAR),
- KPOINTS zawierający parametry siatki wykorzystywanej podczas obliczeń (przykładowy plik KPOINTS),
- POSCAR zawierający m.in. geometrię przestrzenną z ewentualnymi wartościami początkowymi (przykładowy plik POSCAR),
- POTCAR zawierajacy parametery atomów cząsteczki wykorzystywanej w obliczeniach (przykładowy plik POTCAR).
Podział na pliki ma swoje odzwierciedlenie w panelu usługi, gdzie każdy z plików konfigurowany w osobnej zakładce. W każdym z nich możliwe jest:
- wklejenie zawartości pliku wykorzystywanego w obliczeniach w polu tekstowym,
- wybór pliku znajdującego się na gridzie (czyli w dowolnym z udostępnionych via UNICORE przestrzeni dyskowych),
- wgranie własnego pliku na dowolną z powyższych przestrzeni dyskowych.
W przypadku ostatniej opcji wymagany jest wcześniejszy wybór katalogu docelowego, a dopiero potem możliwe jest przesłanie lokalnego pliku. Po udanych zapisaniu pliku pole tekstowe Grid File zostanie autmatycznie zdalny adres wgranego pliku.
Sam interfejs graficzny usługi VASP Obliczenia został zainicjowany powyższymi przykładowymi plikami wejściowymi umożliwiając początkowemu użytkownikowi po prostu uruchomienie pierwszej symulacji, która pozwoli się zaznajomić z procesem. Nie jest są konieczne żadne dodatkowe parametry.
Zlecenie obliczeń
W widoku usługi VASP Obliczenia użytkownik posiada do dyspozycji przycisk Submit VASP Simulation, który zleca przeprowadzenie obliczeń na infrastrukturze PLGrid. Użytkownik ma możliwość ustawienia następujących parametrów prezentowanych przez powyższe obrazki:
- nazwa symulacji widoczna na liście obliczeń użytkownika,
- nazwa grantu wykorzystywanego w trakcie obliczeń,
- wybór kolejki w zależności od szacowanego czasu obliczeń,
- wielkość pamięci na poszczególnych węzłach oraz liczbę węzłów oraz procesorów na poszczególny węzeł.
W celu poprawnego wykonania zadania konieczna jest wcześniej aktywacja usługi VASP Obliczenia w portalu PLGrid. W przeciwnym wypadku program wypiszę tylko na standardowe wyjście komunikat o jej braku z odnośnikiem to opisu usługi.
Wyniki obliczeń
Po udanym zakończeniu symulacji na górnej liście obliczeń (po jej uprzednim odświeżeniu przyciskiem w prawym górnym rogu) powinniśmy posiadać kolejny wpis ze statusem oznaczającym sukces. Możemy wówczas przejrzeć katalog zadania z wynikowymi plikami i pobrać te, które nas interesują.
Dla użytkownika programu VASP niewątpliwie jednym z ciekawszych plików jest OUTCAR, który posiada zarówno energię końcową obliczeń oraz wynikową strukturę przestrzenną. Poniżej prezentujemy obrazki przedstawiające podgląd tekstowy pliku, a także graficzną wizualizację cząsteczki po jej uprzednim pobraniu z wykorzystaniem darmowego programu Jmol.
Gdzie szukać dalszych informacji?
Po udanym przeprowadzeniu przykładowych powyżej obliczeń, czas na własne eksperymenty. Dodatkowe informacje o portalu UNICORE można znaleźć w sekcji UNICORE Portal. W przypadku samych parametrów aplikacji VASP, należy zapoznać się ze stroną internetową www.vasp.at.
W razie problemów oczywiście służymy pomocą. Wystarczy skorzystać z Helpdesku zaznaczając w nim kolejkę UNICORE.
Overview
Content Tools