Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Krótki opis usługi

Usługa przewidziana jest dla wszystkich osób pracujących z programem VASP i posiadających ważne licencje na ten program. Daje ona możliwość zlecania zadań na pomocą przeglądarki internetowej. Usługa oparta jest o pracę z portalem UNICORE. Dzięki temu rozwiązaniu użytkownik otrzymuje dostęp do infrastruktury jedynie za pomocą loginu i hasła. Usługa umożliwia przyjazne zlecanie zadań dzięki przejrzystemu graficznemu formularzowi.

Aktywowanie usługi

Aby aktywować usługę należy:

  • zarejestrować się w portalu PLGrid i założyć konto użytkownika (patrz: Pierwsze kroki),
  • zalogować się do portalu i założyć grant obliczeniowy (w przypadku jeśli nie chcemy korzystać z niewielkiego grantu osobistego),
  • zawnioskować o aktywacje usługi VASP - Obliczenia przez Katalog Aplikacji i Usług,
  • przedstawić wymaganą licencję dla programu VASP.

Informację o posiadaniu licencji sugerujemy zawrzeć bezpośrednio w motywacji podczas aktywacji usługi. Dostawca usługi skontaktuje się w celu jej weryfikacji. Użytkownik oczywiście może zgłosić się poprzez Helpdesk z załączonym skanem dokumentu w celu przyspieszenia weryfikacji.

Pierwsze kroki

Po aktywacji usługi można z niej skorzystać logując się do portalu UNICORE. W spisie modułów po lewej stronie należy wybrać zakładkę VASP. Mamy wówczas dostępny panel dedykowany do zlecania zadań w programie VASP widoczny na poniższym obrazku (należy kliknąć w celu powiększenia).

VASP Main Panel

Panel użytkowników usługi VASP - Obliczenia składa się z trzech części:

  • u góry widzimy listę dotychczas przeprowadzonych obliczeń wraz z ich statusem oraz czasem zlecenia,
  • w dolnej części, po prawej, widzimy dane potrzebne do specyfikacji zadania podczas zlecania obliczeń,
  • po lewej stronie mamy zakładki umożliwiające edycję czterech podstawowych plików wejściowych dla programu VASP.

W każdej chwili możemy podejrzeć katalog dowolnych obliczeń wyświetlonych powyżej (niezależnie od aktualnego statusu). Należy w tym celu wybrać ikonkę Open job directory znajdującą się w prawym górnym rogu całego widoku. Dodatkowo umiejscowione są tam jeszcze przyciski odświeżenia listy obliczeń oraz usunięcia zaznaczonych.

Dane wejściowe

Program VASP potrzebuje czterech plików wejściowych, aby przeprowadzić obliczenia. Są to:

Podział na pliki ma swoje odzwierciedlenie w panelu usługi, gdzie każdy z plików konfigurowany jest w osobnej zakładce. W każdym z nich możliwe jest:

  • wklejenie zawartości pliku wykorzystywanego w obliczeniach w polu tekstowym,
  • wybór pliku znajdującego się na gridzie (czyli w dowolnej z udostępnionych przez UNICORE przestrzeni dyskowych),
  • wgranie własnego pliku na dowolną z powyższych przestrzeni dyskowych.

W przypadku ostatniej opcji wymagany jest wcześniejszy wybór katalogu docelowego, a dopiero potem możliwe jest przesłanie lokalnego pliku. Po udanym zapisaniu pliku pole tekstowe Grid File zostanie automatycznie uzupełnione zdalnym adresem wgranego pliku.

 

Sam interfejs graficzny usługi VASP Obliczenia został zainicjowany powyższymi przykładowymi plikami wejściowymi umożliwiając początkowemu użytkownikowi po prostu uruchomienie pierwszej symulacji, która pozwoli zaznajomić się z procesem zlecania obliczeń do infrastruktury PLGrid. Nie są konieczne żadne dodatkowe parametry.

Zlecenie obliczeń

W widoku usługi VASP Obliczenia użytkownik posiada do dyspozycji przycisk Submit VASP Simulation, który zleca przeprowadzenie obliczeń na infrastrukturze PLGrid. Użytkownik ma możliwość ustawienia następujących parametrów prezentowanych przez powyższe obrazki:

  • nazwa symulacji widoczna na liście obliczeń użytkownika,
  • nazwa grantu wykorzystywanego w trakcie obliczeń,
  • wybór kolejki w zależności od szacowanego czasu obliczeń,
  • wielkość pamięci na poszczególnych węzłach oraz liczbę węzłów i procesorów na poszczególny węzeł.

W przypadku ostatniego punktu należy zwrócić szczególną uwagę na zgodność z indywidualną polityką określonego ośrodka. Szczegółowe informacje można w sekcji Uruchamianie zadań bezpośrednio przez system kolejkowy (SSH). Niekiedy wymagane jest zapoznanie się z informacjami rozszerzonymi, z których np. możemy się dowiedzieć, że w ICMie w przypadku większej liczby węzłów powinniśmy specyfikować wartości tak, żeby wykorzystywały wszystkie rdzenie węzła.

 

W celu poprawnego wykonania zadania konieczna jest wcześniej aktywacja usługi VASP Obliczenia w portalu PLGrid. W przeciwnym wypadku program wypisze na standardowe wyjście tylko komunikat o jej braku z odnośnikiem do opisu usługi.

Wyniki obliczeń

Po udanym zakończeniu symulacji na górnej liście obliczeń (po uprzednim jej odświeżeniu przyciskiem w prawym górnym rogu) powinniśmy posiadać kolejny wpis ze statusem oznaczającym sukces. Możemy wówczas przejrzeć katalog zadania z wynikowymi plikami i pobrać te, które nas interesują.

Dla użytkownika programu VASP niewątpliwie jednym z ciekawszych plików jest OUTCAR, który zawiera zarówno energię końcową obliczeń oraz wynikową strukturę przestrzenną. Poniżej prezentujemy obrazki przedstawiające podgląd tekstowy pliku, a także graficzną wizualizację cząsteczki po jej uprzednim pobraniu z wykorzystaniem darmowego programu Jmol.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Po udanym przeprowadzeniu przykładowych obliczeń, czas na własne eksperymenty. Dodatkowe informacje o portalu UNICORE można znaleźć w sekcji UNICORE Portal. W przypadku samych parametrów aplikacji VASP, należy zapoznać się ze stroną internetową www.vasp.at.

W razie problemów oczywiście służymy pomocą. Wystarczy skorzystać z Helpdesku zaznaczając w nim kolejkę UNICORE.