You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

Version 1 Next »


QCG-SimpleClient oferuje prosty, wzorowany na poleceniech systemu kolejkowego, interfejs do infrastruktury QCG.

Polecenia

Składnia poleceń

qcg-sub

  • qcg-sub plik_z_opisem
    Zlecenie zadania do wykonania na infrastrukturze QCG zgodnie z uproszczonym opisem
    plik_z_opisem     - ścieżka do pliku z uproszczonym opisem zadania

    qcg-sub /home/piontek/tasks/date.qcg
qcg-sub ./tasks/date.qcg

qcg-list

qcg-list  czas_jednostka [stan,[stan]]  

Wyświetlenie listy zleconych zadań wraz z informacjami o nich.
czas_jednostka - Opcjonalnie można podać z jakiego czasu mają być zadania - z ostatnich „liczba” dni („d”), godzin („h”), minut („m”).
stan - Drugim opcjonalnym parametrem jest lista stanów zadań oddzielonych przecinkami (bez spacji). W przypadku niepodania stanów wyświetlane są zadania niezakończone.

qcg-list 
qcg-list 7d
qcg-list 1m
qcg-list 7d finished
qcg-list 1m finished,failed

Dla wygody użytkowników zamiast listy stanów możliwe jest podanie zdefiniowanych stałych:

  • all - zadania we wszystkich stanach,
  • terminated - zadania zakończone,
  • unterminated - zadania niezakończone.
  qcg-list 7d all
  qcg-list 7d terminated
  qcg-list 7d unterminated

 

qcg-info

qcg-info jobId pokaz_opis  

Wyświetlenie szczegółowej informacji o danym zadaniu.
jobId - identyfikator eksperymentu.
pokaz_opis- Jeśli pokaz_opis ma wartość „true” to dodatkowo wyświetlany jest opis zadnia. Domyślną wartością jest „false”.

  qcg-info J1331196390748_date_3099 true

 

qcg-peek

gcg-peek jobId liczba_znaków 

Podgląd wyjścia (stdout, stderr) aplikacji.
jobId - identyfikator eksperymentu,
liczba_znaków- liczba znaków do wyświetlenia,

qcg-peek J1331196390748_date_3099
qcg-peek J1331196390748_date_3099 10

 

qcg-proxy

qcg-proxy

Utworzenie certyfikatu proxy użytkownika.

qcg-proxy

 

qcg-cancel

qcg-cancel jobId  

Anulowanie zadania.
jobId - identyfikator eksperymentu

  qcg-cancel J1331196390748_date_3099

 

qcg-clean

qcg-clean jobId  

Usunięcie katalogu roboczego zadnia.
jobId - identyfikator eksperymentu

  qcg-clean J1331196390748_date_3099

 

qcg-interactive

qcg-interactive plik_z_opisem

Zlecenie zadania interaktywnego.
plik_z_opisem - ścieżka do pliku z uproszczonym opisem zadania

  qcg-interactive /home/piontek/tasks/bash.qcg
  qcg-interactive ./tasks/bash.qcg

Korzystając z polecenia qcg-interactive można zlecić wykonanie dowolnej interaktywnej tekstowej aplikacji.

Szczególnie częstym i użytecznym przypadkiem jest interaktywne uruchomienie konsoli poleceń umożliwiające np. kompilację oprogramowani na klastrze, do którego nie ma dostępu poprzez SSH.

W opisie zadania dla interaktywnego uruchomienia konsoli poleceń wystarczy podać nazwę klastra,  na którym ma sie uruchomić konsola oraz podać scieżkę do preferowanego interpretera poleceń (np. bash).

#QCG host=inula.man.poznan.pl

/bin/bash

W opisie zadania interaktywnego można korzystać również z innych dyrektyw QCG celem podania np. wymagań zasobowych dla zadania interaktywnego.

qcg-connect

qcg-connetct jobId
Utworzenie z klienta QCG interaktywnej sesji w katalogu roboczym danego zadania
jobId - identyfikator eksperymentu

qcg-connect J1331196390748_date_3099

qcg-refetch

qcg-refetch jobId  

Ponowne skopiowanie plików wynikowych zadania.
jobId - identyfikator eksperymentu

  qcg-refetch J1331196390748_date_3099

 

Format opisu zadań

Zlecany plik jest plikiem tekstowym, który może zawierać dyrektywy infrastruktury QCG.

Dyrektywą jest każda linia zaczynająca się od ”#QCG”.

Jeżeli w pliku nie zdefiniowano dyrektywy ”executable” ani ”application” uruchamiany jest zlecany plik z opisem zadania.

application

  • application - nazwa aplikacji do uruchomienia.
#QCG application=namd

argument

  • argument - argument aplikacji w przypadku użycia dyrektywy „executable” lub „application”. Argument może wystąpić wielokrotnie. Każdy argument powinien być przekazany w osobnej dyrektywie. Argumenty do aplikacji przekazywane są w kolejności ich wystąpienia w pliku opisu
#QCG argument=arg1
#QCG argument=arg2

deadline

  • deadline - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie, że zadanie ma być wykonane „w czasie nie dłuższym niż”. Dyrektywa wymusza użycie mechanizmu rezerwacji zasobów z wyprzedzeniem. Nie może być użyta równocześnie z dyrektywą „reservation”. Argumentem dyrektywy jest przedział czasu w formacie PnYnMnDTnHnMnS (ISO 8601) gdzie:
    • P - obowiązkowy znak rozpoczynający definicję okresu,
    • nY - liczba lat,
    • nM - liczba miesięcy,
    • nD - liczba dni,
    • T - separator czasu (musi być obecny, jeśli zdefiniowane są poniższe wartości)
    • nH - liczba godzin,
    • nM - liczba minut,
    • nS - liczba sekund.

W przypadku nie podania dyrektywy „not_before” system próbuje dokonać rezerwacji zasobów od aktualnej chwili. Dyrektywa wyklucza równoczesne użycie „not_after”.

#QCG deadline=P3DT12H
#QCG not-before=2012.07.25
#QCG deadline=P3DT12H

environment

  • environment - ustawianie zmiennych środowiskowych. Składnia „nazwa → wartość”. Każda zmienna musli być ustawiana w osobnej linii.
#QCG environment=name -> piontek
#QCG environment=location -> poznan

error

  • error - lokalizacja gdzie ma być przegrany standardowe wyjście błędów zadnia (stderr). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie 

    #QCG error=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/errors/${JOB_ID}.error
#QCG error=error.txt

executable

  • executable - lokalizacja pliku do uruchomienia. Lokalizacja może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku przyjmuje się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecone zostało zadanie. Opcjonalnie możliwe jest podanie nazwy pod jaką ma być zapisany plik wykonywalny. W przypadku braku nazwy zapisywany jest pod oryginalna nazwą. 
#QCG executable=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/executables/exec1
#QCG executable=executables/exec1
#QCG executable=executables/exec1 -> exec-file

grant

  • grant - nazwa grantu, w ramach którego ma być wykonane zadanie.
#QCG grant=plgpiontek_grant

host

  • host - nazwa maszyny na której może być uruchomione zadanie. Może być wiele takich dyrektyw dla alternatywnych maszyn.
#QCG host=reef.man.poznan.pl
#QCG host=zeus.cyfronet.pl

input

  • input - lokalizacja skąd ma być wzięte standardowe wejście dla aplikacji (stdin). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.
#QCG input=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/experiment.input
#QCG input=input.txt

memory

  • memory - dyrektywa definiująca deklarowane maksymalne zapotrzebowanie aplikacji na pamięć operacyjną. Podana wartość jest w MB.
#QCG memory=1024

module

  • module - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie wymaganego przez zadanie modułu (nazwy programu/biblioteki oraz wersji). Możliwe jest wielokrotne podanie dyrektywy. Przy wyborze klastra do uruchomienia zadania system weźmie pod uwagę tylko te klastry na których dostępne są wszystkie wymagane moduły.
#QCG module=nwchem/6.0
#QCG module=namd

monitor

  • monitor - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie skryptu, który zostanie uruchomiony przed uruchomieniem właściwego zadania i zabity po zakończeniu zadania. Funkcjonalność ta umożliwia w prosty sposób zaimplementowanie monitoringu aplikacji. Uruchomiony skrypt może cyklicznie wyszukiwać w wyniku aplikacji zadanych wzorców i przesyłać je w dowony sposób do użytkownika.
#QCG monitor=monitor-script.sh

name

  • name - dyrektywa określająca nazwę zadania. Nazwa zadania pojawi się jako końcówka identyfikatora zadania.
#QCG name=nobel-experiment

native

  • native - dyrektywa umożliwiająca przekazanie do systemu kolejkowego specyficznych dla niego wymagań zasobowych. Wymagania takie są specyficzne do systemu kolejkowego i powinny być używane z dyrektywami „host” i w przemyślany przez użytkownika sposób.

Przykład dla PBSa oznaczający dane zadanie jako wznawialne.

(-r y|n Declares whether the job is rerunable.)

#QCG native=-r n

nodes

  • nodes - dyrektywa pozwalająca zdefiniować na ilu węzłach i rdzeniach w ramach węzła ma być uruchomione zadanie. Opcjonalnie można podać ile procesów ma być uruchomione na węzłach. Domyślnie, jeżeli nie zostanie podane inaczej, liczna procesów równa jest liczbie rdzeni przydzielonych w ramach węzła. Składnia liczna_węzłów:liczba_rdzeni_na_węźleliczba_procesów.
#QCG nodes=10:5:1
#QCG nodes=12:12

not-after

  • not-after - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie, że zadanie ma być wykonane „nie później niż”. Argumentem dyrektywy jest data z opcjonalnym czasem. Dyrektywa wymusza użycie mechanizmu rezerwacji zasobów z wyprzedzeniem. Nie może być użyta równocześnie z dyrektywą „reservation”, wymaga podania dyrektywy „walltime”.
#QCG not-after=2012.08.25
#QCG walltime=PT2H
#QCG not-after=2012.08.25 13:20
#QCG walltime=PT2H

not-before

  • not-before - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie, że zadanie ma być wykonane „nie wcześniej niż”. Argumentem dyrektywy jest data z opcjonalnym czasem. Dyrektywa wymusza użycie mechanizmu rezerwacji zasobów z wyprzedzeniem. Nie może być użyta równocześnie z dyrektywą „reservation”. W przypadku braku dyrektywy przyjmuje się, że zadanie może być uruchomione „od razu”. Dyrektywa wymaga dyrektywy „walltime”.
#QCG not-before=2012.07.25
#QCG walltime=PT2H
#QCG not-before=2012.07.25 15:20
#QCG walltime=PT2H

note

  • note - krótka informacja o zadaniu.
#QCG note=moje pierwsze zadanie QCG

notify

  • notify - dyrektywa umożliwiająca podanie protokołu i adresu docelowego dla powiadomień o stanie zadania. Możliwe jest wysyłanie powiadomień mailem i xmpp (dawniej Jabber).
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl
#QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@gmail.com

W przypadku checi otrzymywania powiadomień protokołem xmpp konieczne jest dodanie do kontaktów nadawcy: qcg-notification@plgrid.pl    

output

  • output - lokalizacja gdzie ma być przegrane standardowe wyjście zadnia (stdout). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.
#QCG output=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/outputs/${JOB_ID}.output
#QCG output=output.txt

persistent

  • persistent - dyrektywa określająca że po zakończeniu zadania system ma pozostawić katalog roboczy, w którym wykonywane było zadanie.
#QCG persistent

postprocess

  • postprocess - dyrektywa umożliwiająca wykonanie polecenia/skryptu po zakończeniu się właściwego zadania. Wartością dyrektywy może być polecenie lub ścieżka do pliku, który ma być wykonany.
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

#QCG postprocess=postprocess-script.sh

preprocess

  • preprocess - dyrektywa umożliwiająca wykonanie polecenia/skryptu przed uruchomieniem właściwego zadania. Wartością dyrektywy może być polecenie lub ścieżka do pliku, który ma być wykonany.
#QCG preprocess=mkdir outputs

#QCG preprocess=preprocess-script.sh

procs

  • procs - liczba rdzeni obliczeniowych, na których ma być wykonane zadanie. (Stosowane dla zadań MPI.)
#QCG procs=32

properties

  • properties - dyrektywa definiująca właściwości węzłów na których ma być uruchomione zadanie.
#QCG properties=mpi,ib,lustre

queue

  • queue - wybrana kolejka systemu kolejkowego.
#QCG queue=plgrid

reservation

  • reservation - dyrektywa umożliwiająca podanie lokalnego identyfikatora rezerwacji w ramach której ma być wykonane zadanie. Użycie tej dyrektywy wymaga jednoznacznego podania hosta na którym jest założona podana rezerwacja.
#QCG host=reef.man.poznan.pl
#QCG reservation=piontek.0

stage-in-dir

  • stage-in-dir - dyrektywa kopiowania katalogu wejściowego. Funkcjonalność i składnia analogiczna jak dla dyrektywy „stage-in-file” tyle, że kopiowany jest katalog.
#QCG stage-in-dir=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs -> inputs
#QCG stage-in-dir=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs
#QCG stage-in-dir=input_dir -> inputs
#QCG stage-in-dir=input_dir

Skopiowanie całego katalogu w którym uruchomiony został klient odbywa się poprzez podanie ”.” (kropki) jako nazwy katalogu źródłowego i ewentualnie docelowego

#QCG stage-in-dir=. -> .
#QCG stage-in-dir=.
#QCG stage-in-dir=. -> input

stage-in-file

  • stage-in-file - dyrektywa kopiowania pliku wejściowego. Składnia „lokalizacja_źródłowa → nazwa_docelowa_pliku”. Lokalizacja źródłowa może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.

W przypadku braku drugiego parametru plik kopiowany jest pod nazwę źródlową.

#QCG stage-in-file=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/input.txt -> input.txt
#QCG stage-in-file=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/input.txt
#QCG stage-in-file=input_file.txt -> input.txt
#QCG stage-in-file=input_file.txt

stage-out-dir

  • stage-out-dir - dyrektywa kopiowania katalogu wyjściowego. Funkcjonalność i składnia analogiczna jak dla dyrektywy „stage-out-file” tyle, że kopiowany jest katalog.
#QCG stage-out-dir=results -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/${JOB_ID}
#QCG stage-out-dir=results -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/${JOB_ID}
#QCG stage-out-dir=results -> result
#QCG stage-out-dir=results

Skopiowanie całego katalogu w którym wykonane było zadanie odbywa się poprzez podanie ”.” (kropki) jako nazwy katalogu źródłowego.

#QCG stage-out-dir=. -> .
#QCG stage-out-dir=.
#QCG stage-out-dir=. -> output

stage-out-file

  • stage-out-file - dyrektywa kopiowania pliku wyjściowego. Składnia „nazwa_pliku_źródłowego → lokalizacja docelowa pliku”. Lokalizacja docelowa może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie. W przypadku braku drugiego parametry plik przegrywany jest pod nazwę źródłową.
#QCG stage-out-file=results.txt -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/result.1
#QCG stage-out-file=results.txt
#QCG stage-out-file=result.txt -> ${JOB_ID}.result
#QCG stage-out-file=result.txt

use-reservation

  • use-reservation - bezparametrowa dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie, ze dane zadanie ma być uruchomione z wykorzystaniem mechanizmu rezerwacji zasobów z wyprzedzeniem. Dyrektywa wymaga podania czasu wykonania zadania (dyrektywa #QCG walltime). Stosowanie tej dyrektywy pozwala „wymusić” rezerwacje, gdy nie były użyte dyrektywy „not-after”, „not-before”, „deadaline”. Dyrektywa wyklucza użycie równocześnie z dyrektywą „reservation”.
#QCG use-reservation
#QCG walltime=PT2H

walltime

  • walltime - dyrektywa definiująca deklarowany przez użytkownika czas wykonania zadania w formacie PnYnMnDTnHnMnS, w formacie ISO 8601 gdzie:
    • P - obowiązkowy znak rozpoczynający definicję okresu,
    • nY - liczba lat,
    • nM - liczba miesięcy,
    • nD - liczba dni,
    • T - separator czasu (musi być obecny, jeśli zdefiniowane są poniższe wartości)
    • nH - liczba godzin,
    • nM - liczba minut,
    • nS - liczba sekund.
#QCG walltime=P3DT12H

watch-output

  • watch-output - dyrektywa umożliwiająca monitorowanie pliku wyjściowego aplikacji i przesyłanie powiadomień z informacją. Argumentem dyrektywy jest trójka parametrów oddzielonych przecinkami:
    • adres na który ma być przesłane powiadomienie (wspieranymi protokołami są mail i xmpp - patrz dyrektywa notify)
    • częstotliwość przesyłania powiadomień w sekundach,
    • wyrażenie regularne, dla którego linia pliku wynikowego ma być przesłana w powiadomieniu, lub nazwa pliku którego wyjście ma być przesłane.
#QCG watch-output=mailto:piontek@man.poznan.pl,20,ENERGY
#QCG stage-in-file=nft_expr_file
#QCG watch-output=mailto:piontek@man.poznan.pl,30,ntf_expr_file

 

Zmienne opisu zadania

W opisie zadania możliwe jest użycie następujących zmiennych:

  • HOSTNAME - nazwa hosta (klastra) na jakim uruchomione zostało zadanie,
  • HOME - katalog domowy użytkownika,
  • TASK_DIR - katalog roboczy zadania,
  • JOB_ID - identyfikator eksperymentu,
  • TASK_ID - identyfikator zadania,
  • USER_DN - DN (Distinguished Name) użytkownika (identyfikator użytkownika widoczny w certyfikacie, w formacie PEM, np. /C=PL/O=GRID/O=PSNC/CN=Tomasz Piontek)
  • PROCESS_GROUP - identyfikator grupy procesów.

 

Przykładowe opisy zadań

 

Uruchomienie na klastrze galera aplikacji „gaussian”.

#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar 
#QCG nodes=1:12
#QCG host=galera.task.gda.pl
#QCG persistent
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl
#QCG memory=15360

#QCG preprocess=echo START
#QCG application=g09
#QCG argument=etanal.gjf 
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

 

 

Eksperyment polegający na:

  • przegraniu z katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub podkatalogu inputs na klaster na docelowy klaster (reef).
  • zleceniu do wykonania na klastrze reef w kolejce plgrid polecenia /bin/tar pakującego przegrany wczesnej katalog inputs do pliku output.tgz.
  • przesłaniu pliku output.tgz do katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub pod tę samą nazwę.
#!/bin/bash

#QCG queue=plgrid
#QCG persistent
#QCG host=reef.man.poznan.pl
#QCG output=output
#QCG error=error

#QCG stage-in-dir=inputs -> inputs

/bin/tar -czf output.tgz inputs/input.*

#QCG stage-out-file=output.tgz -> output.tgz

 

Uruchomienie aplikacji NAMD

#QCG note=NAMD apoa1
#QCG name=ex_1                                                            
#QCG host=hydra.icm.edu.pl                                                
#QCG walltime=PT10M                                                       
#QCG queue=plgrid                                                         
#QCG nodes=1:12:12                                                        
#QCG persistent                                                           
#QCG output=apoa1.output                                                  
#QCG error=apoa1.error                                                    
#QCG application=NAMD                                                     
#QCG argument=apoa1/apoa1.namd                                            
#QCG stage-in-file=apoa1.zip                                              
#QCG preprocess=unzip apoa1.zip                                           
#QCG stage-out-dir=. -> results                                        
#QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@plgrid.pl  
#QCG watch-output=mailto:tp@mail,20,ENERGY

 

 

  • No labels