Warning |
---|
Usługa Biologia: Chipster została wycofana |
Info |
---|
Poniższy szablon należy odpowiednio uzupełnić.
|
...
Wstawianie odnośników do innych stron podręcznika
Przy wstawianiu linków do stron wewnętrznych Podręcznika użytkownika (np. certyfikat="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu"' założenie konta="Zakładanie konta w portalu"; Pomoc="Gdzie szukać pomocy") należy w trybie edycji strony:
Efekt powyższego opisu można zobaczyć klikając lewym klawiszem myszki (w trybie edycji strony) na dowolny link w tym oknie informacji. Pojawi się pole, w którym do wyboru będzie opcja Edit, którą klikamy. Pojawi się okno Edit link, z aktywnym polem Search i nazwą strony wewnętrznej podręcznika.
Przy wstawianiu linków do konkretnych sekcji (akapitów) na wybranej stronie, np. Certyfikaty Simple CA ="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu#Certyfikaty Simple CA", należy nazwę strony wraz z tytułem sekcji, rozdzielone znakiem #, podać w opcji Advanced w okienku link. Przy wstawianiu nazwy stron istotne jest zachowanie znaków spacji pomiędzy wyrazami oraz braków spacji pomiędzy #.
LINKI ZEWNĘTRZNE
Linki zewnętrzne np. do strony PL-Grid wstawiamy w oknie Insert Link (Ctrl+K) w opcji Web Link.
Info |
---|
Pomoc w pisaniu stron w Confluence: https://confluence.atlassian.com/display/DOC/Using+the+Editor |
Usługa jest przeznaczona dla biologów oraz bioinformatyków.
Chipster jest implementacją popularnego środowiska zarządzania zadaniami pozwalającego na uproszczone uruchamianie analiz bioinformatycznych na zasobach obliczeniowych PLGrid. W ramach usługi szczególny nacisk położony został na udostępnienie możliwie dużej liczby narzędzi związanych z analizą danych pochodzących z eksperymentów opartych o metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Wykonywanie analiz z użyciem Chipster oparte jest o wygodny interfejs dostępny w formie aplikacji Java, pozwalający na intuicyjne zarządzanie danymi, narzędziami oraz wynikami. Wbudowane moduły wizualizacji pozwalają na przejrzystą i efektywną analizę wyników.
Aby skorzystać z usługi Chipster, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze Infrastrukturze PLGridoraz aktywną afiliację.
Do usługi Chipster może może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Molecular Biology Data Analysis Toolkit . W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl a następnie zalogować się podając swój identyfikator plgrid (np. plgkowalski) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej menu tej usługi należy po zalogowaniu się w Portalu PLGrid w lewym menu wybrać zakładkę Usługi. Po przejściu do tej zakładki należy kliknąć zielony przycisk Zarządzaj usługami, znajdujący się w prawym górnym rogu. Spowoduje to przejście do Katalogu Aplikacji i Usług (KAiU), gdzie należy wyszukać usługę Molecular Biology Data Analysis Toolkit, a następnie o nią aplikować.
Przyznanie usługi następuje automatycznie. Gdy usługa zostanie przyznana, pojawi się na liście usług w portalu PLGrid ze statusem „active” Status usługi będzie również widoczny w KAiU jako "Status użytkownika: Usługa aktywna — usługa dostępna dla użytkownika" wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.
Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie Molecular Biology Data Analysis Toolkit a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.
Uruchomienie usługi
Uruchomienie Usługa Chipster składa się z aplikacji klienckiej Chipster oraz oprogramowania zainstalowanego na serwerach obliczeniowych PLGrid. Aplikacja kliencka służy do uruchamiania oraz zarządzania zadaniami obliczeniowymi które uruchamiane są na serwerach obliczeniowych PLGrid. Z tego względu uruchomienie aplikacji Chipster możliwe jest na każdym komputerze wyposażonym w przeglądarkę internetową oraz środowisko Java Web Start. Usługa dostępna jest poprzez portal MBDAT bądź pod adresem: http://chipster.biologia.plgrid.pl. Na wskazanej stronie należy wcisnąć link launch Chipster. Alternatywnie, można również wybrać wersję aplikacji klienckiej możliwą do zastosowania na komputerach o większej ilości pamięci RAM: 3 lub 6 GB. Po wciśnięciu linku pobrany zostanie plik startowy aplikacji chipster.jnlp . Pobrany plik należy uruchomić za pomocą Java Web Start. Podczas uruchamiania aplikacji klienckiej nastąpi monit o zalogowanie z użyciem danych konta PLGrid.
Organizacja interfejsu
Interfejs aplikacji Chipster podzielony jest na 4 obszary: Datasets , Workflow , Analysis tools oraz Visualisation . W obszarach Datasets oraz Workflow możliwe jest śledzenie wyników analiz oraz wskazywanie plików, na których mają byc być uruchomione narzędzia dostepne dostępne w obszarze Analysis tools . Ostatni z obszarów, Visualisation , służy do wyświetlanai wyświetlania informacji o wybranym pliku/wyniku oraz do wyświetlania jego wizualizacji.
Aktualizacja wersji Chipster
Usługa Chipster będzie aktualizowana zgodnie z dostępnością nowych wersji aplikacji. Po aktualizacji wersji, niezbędne jest pobranie nowej wersji aplikacji klienckiej ze strony https://chipster.biologia.plgrid.pl (link Launch Chipster).
Praca z sesjami zdalnymi (dostępna od wersji 3.6)
W wersjach Chipster poniżej 3.6 praca wymagała utrzymywania połączenia aplikacji klienckiej uruchamianej na komputerze użytkownika z serwerem obliczeniowym. Błędy w połączeniu objawiały się utratą śledzenia postępów obliczeń co prowadziło do sytuacji, kiedy zakończone obliczenia dla użytkownika widoczne były jako trwające. Chipster w wersji 3.6 wprowadził możliwośc zapisywania sesji na serwerze - Cloud Session. Umożliwia to nie tylko przechowywanie wszystkich plików wsadowych i wynikowych na serwerze, ale również kontynuację obliczeń po utracie połączenia aplikacji klienckiej z serwerem, a nawet po jej wyłączeniu. Aby skorzystać z tej opcji należy:
Przykładowy scenariusz użycia: analiza danych RNA-seq
...
Strony zewnętrzne (jeśli są), odnośnik do helpdesku lub strony dokumentacji o pomocy.
Info |
---|
Można też dodać sekcję "Co dalej?" ze wskazaniem (odnośnikiem) do dalszej części dokumentacji, o ile jest wymagana. |
Szczegółowe informacje o użytkowaniu infrastruktury PLGrid znajdują się w Podręczniku Użytkownika.
Szczegółowa dokumentacja Chipster wraz z przykładowymi sesjami znajduje się na stronie: http://chipster.csc.fi/manual/
Informacje o usługach dziedzinowych Biologia dostępne są na stronie: http://biologia.plgrid.pl/
Uzyskanie informacji/helpdesk PLGrid: dokumentacji o pomocy