...
Aby skorzystać z usługi InSilicoLab for Chemistry należy aktywować ją w Portalu PL-Grid. Jest ona dostępna w katalogu usług w kategorii "Dziedzinowe", podkategoria "Chemia"katalogu aplikacji i usług.
Dodatkowo, do wykonywania obliczeń kwantowochemicznych, wymagane jest aktywowanie usługi "Globalny dostęp gLite" dostępnej w katalogu usług w kategorii "Zasoby obliczeniowe". Aktywowanie tej usługi może się odbyć wyłącznie po zarejestrowaniu conajmniej co najmniej jednego certyfikatu osobistego w Portalu PL-Grid - informację na temat rejestracji oraz możliwości uzyskania certyfikatu można znaleźć w rozdziale "Pierwsze kroki w Portalu Użytkownika" niniejszego podręcznika.
...
Zwracamy również uwagę że, w związku z przejściem na nowy system scratch na maszynie Zeus, dla osób które używały starego systemu scratch, konieczne jest przełączenie na nowy. Sprawdzenia, który system jest używany można dokonać wyświetlając zmienną $SCRATCH (echo $SCRATCH
) - powinna ona wskazywać /mnt/lustre/scratch2/people/<nazwa_użytkownika>
. Przełączenia na nowy system scratch można dokonać w następujący sposób:
...
Dostępny na klastrze Zeus program TeraChem pozwala na przyspieszenie części typowych obliczeń kwantowochemicznych poprzez wykonywanie ich na kartach graficznych NVidia.
Uwaga: aby móc skorzystać z obliczeń TeraChemem, należy aktywować dodatkowe usługi - patrz rozdział Aktywowanie usługi.
Szablon odpowiedniego eksperymentu wywołuje się klikając nazwę TeraChem w głównym menu.
Parametry możliwe do ustawienia w eksperymencie to:
xyz
zawierającego geometrię układuJeśli jako Calculation type wybrano Born-Oppenheimer Dynamics, w dodatkowych polach zadaje się:
Wybór opcji QM/MM pozwala na wykonanie obliczeń, w których część układu traktowana jest na poziomie wybranej metody kwantowochemicznej a otaczające ją cząsteczki wody opisywane są mechaniką molekularną w parametryzacji TIP3P. W takim przypadku należy użyć listy TIP3P water molecules do załadowania pliku xyz
z geometrią cząsteczek wody (część kwantowochemiczna zdefinowana jest przez plik podany w Coordinates file). Cząsteczki wody w pliku zapisywane są kolejno, atomy cząsteczki muszą być podawane w kolejności OHH.
W poniższym przykładzie zażądano wykonania 1000 kroków symulacji dynamiki Borna-Oppenheimera z początkową temperaturą 350 K oraz żądaną temperaturą układu 350 K utrzymywaną przez termostat Langevina. Wybrano kombinowaną metodę QM/MM. Geometria kwantowochemicznej części układu zawarta jest w pliku mc1.xyz
, jej ładunek i multipletowość wynoszą 0 i 1. Obliczenia kwantowochemiczne mają zostać wykonane metodą RB3LYP w bazie 6-31G z uwzględnieniem poprawki dyspersyjnej D3. Gęstość gridu używanego w obliczeniach DFT ustawiono na poziomie 2. Kwantowochemiczna część układu otoczona jest cząsteczkami wody TIP3P o początkowej geometrii zadanej w plikumc1-w.xyz
. Obliczenia mają być wykonane z użyciem 8 kart GPU w ramach domyślnego grantu użytkownika.
Kliknięcie przycisku Run powoduje przesłanie zadania do wykonania na klastrze Zeus.
Po zakończeniu obliczeń użytkownik ma możliwość pobrania pliku log
(output programu TeraChem) oraz pliku tar
z zawartością katalogu scr
(pozostałe pliki wynikowe tworzone przez program).
...