Page History

Krótki opis usługi

Usługa InSilicoLab ma na celu wsparcie uruchamiania złożonych astrofizycznych eksperymentów obliczeniowych na infrastrukturze PL-Grid. Pozwala na przygotowanie niezbędnych danych wejściowych (t.j. modułów zadających warunek początkowy , i parametry symulacji) dla wspieranych kodów obliczeniowych, wysłanie przygotowanych zadań na grid i ich uruchomienie, a następnie zebranie plików wynikowych i ich wstępną analizę.

Dzięki zapisywaniu danych w katalogach sieciowych, możliwe jest przekazywanie danych z jednego eksperymentu obliczeniowego do drugiego oraz dostęp do nich niezależny niezależnie od komputera, z którego zlecono zadania. Możliwość zapamiętania eksperymentu pozwala na łatwe odtworzenie cyklu obliczeniowego.

Eksperymenty usługi InSilicoLab for Astrophysics ułatwiają przeprowadzanie symulacji numerycznych bez konieczności własnoręcznej i często bardzo skompikowanej skomplikowanej kompilacji kodów astrofizycznych. Usługa przeznaczona jest dla osób początkujących.

Obecnie wspierane jest przeprowadzanie eksperymentów kodem obliczeniowym :  Piernik.

Aktywowanie usługi

Aby skorzystać z usługi InSilicoLab for Astrophysics należy aktywować ją w Portalu PL-Grid. Jest ona dostępna w katalogu usług w dziale "Platforma dziedzinowa: AstroGrid-PL".

Dodatkowo wymagane jest aktywowanie usługi "Globalny dostęp gLite" dostępnej w katalogu usług w dziale "Usługi globalne". Uwaga: Zaraz po aktywowaniu usługi "Globalny dostęp gLite" informacje na temat konta użytkownika muszą zostać przekazane do infrastruktury - ten proces może trwać maksymalnie do 6 godzin. W tym czasie może nie być dostępna pełna funkcjonalność (uruchamianie eksperymentów oraz pobieranie danych).

Informacje dotyczące usług i ich aktywowania można znaleźć w rozdziale "Usługi" niniejszego podręcznika.

Pierwsze kroki

Należy połączyć się z serwerem usługi

http://insilicolab.astro.plgrid.pl/

Po wejściu do usługi , otwiera się ekran. Jeśli nie byliśmy wcześniej zalogowani do usługi, dostępny jest dla nas jedynie ekran anonimowego użytkownika. Logowanie do własnego konta następuje po przyciśnięciu przycisku Log in... i jest możliwe jest na dwa sposoby:

• Logowanie poprzez certyfikat zarejestrowany w przeglądarce użytkownika (nasze dane zostaną zczytane sczytane z certyfikatu)
• Logowanie poprzez zintegrowany system dostępowy (OpenID) dla infrastruktury PL-Grid. W tym wypadku zostaniemy przekierowani na stronę OpenID dla PL-Grid i poproszeni o wpisanie danych dostępowych do infrastruktury - nazwy użytkownika i hasła (tych samych które podajemy w Portalu PL-Grid) lub zczytany wysłany zostanie automatycznie certyfikat umieszczony w przeglądarce. Jeśli usługa InSilicoLab for Astrophysics nie była aktywna wcześniej, zostanie ona aktywowana automatycznie po zaakceptowaniu odpowiedniego komunikatu. Po zalogowaniu zostaniemy automatycznie przekierowani z powrotem na stronę usługi.

...

W celu przeprowadzenia obliczeń niezbędne będzie skonfigurowanie odpowiedniego certyfikatu proxy przez kliknięcie na link Configure your proxy:

...

Certyfikat proxy konieczny jest do przeprowadzania obliczeń z wykorzystaniem infrastruktury PL-Grid, a także przeglądania danych zgromadzonych w zasobach tej infrastruktury. Nie jest natomiast konieczny do przeglądania konta użytkownika i zapisanych przez niego analiz a także , ani do wstępnego przygotowania eksperymentu przy użyciu astrofizycznych kodów numerycznych.

...

1. Załadowanie istniejącego proxy - wygenerowanego uprzednio na infrastrukturze. Instrukcja, jak wygenerować takie proxy, dostępna jest po kliknięciu w pytajnik w polu Upload your proxy. Jest to opcja bezpieczniejsza dla użytkownika, ale wymaga każdorazowego ładowania proxy po upływie jego ważności (12 godzin).
2. Generacja proxy z poziomu portalu. Aby wygenerować proxy w portalu, należy załadować do niego pliki certyfikatu i klucza w formacie PEM (najczęściej są to usercert.pem i userkey.pem) lub PKCS12 (np. usercert.p12). Jest to czynność jednorazowa , i nie będzie potrzeby ponawiania jej w przyszłości, jeśli certyfikat użytkownika nie ulegnie zmianie. Następnie należy wybrać wirtualną organizację - dla infrastruktury PL-Grid jest to vo.plgrid.pl, podać hasło do załadowanego klucza (UWAGA: hasło nie jest przechowywane nigdzie w systemie) oraz kliknąć przycisk Generate proxy. Zaznaczenie opcji Use MyProxy da nam możliwość automatycznego przedłużania certyfikatu proxy dla uruchomionych zadań do 1687 dni. Dodatkowe instrukcje (m. in. instrukcje postępowania w przypadku, kiedy certyfikat użytkownika jest w formacie innym niż PEM) dostępne są po kliknięciu w pytajnik w polu VOMS proxy initialization.

...

Identyfikację eksperymentu wprowadzamy podając jego krótką nazwę oraz (opcjonalnie) dłuższy opis. W przypadku niepodania krótkiej nazwy , wykorzystane zostanie pole Title formatki aplikacji kwantowochemicznej. Jeśli oba pola zostaną puste, jako krótka nazwa użyty zostanie tekst "(no title)".

...

• sedov - warunkiem początkowym jest porcja energii umieszczona w jednorodnym gazie. W rezultacie w domenie obliczeniowej powstaje sferycznie symetryczna fala uderzeniowa.
• otvortex - sinusoidalne zaburzenie pola prędkości gazu i pola magnetycznego prowadzące do wzbudzenia silnych fal uderzeniowych i turbulencji - wir Orszaga-Tanga jest dobrze znanym problem do testowania nadźwiękowej naddźwiękowej turbulencji magnetohydrodynamicznej.
• tearing -  w warunek poczatkowy początkowy zawiera dwie płaszczyzny prądowe (przeciwnie skierowane wektory pola magnetycznego). Test sprawdza działanie modułu rezystancji magnetycznej, prowadzi do utworzenia się charakterystycznych "wysp magnetycznych".

...

Po wybraniu jednego z trzech możliwych eksperymentów testowych (otvortex na poniższym przykładzie)

dane wejściowe nie zbędne niezbędne do uruchomienia eksperymentu numerycznego kodem Piernik, t.j.:

1. plik piernik.def konfigurujący używane modułu fizyczne wybierane na etapie kompilacji kodu,
2. plik initproblem.F90 zawierający moduł w języku FORTRAN 2003 opisujący warunek początkowy,
3. plik problem.par z parametrami używanymi przez kod na etapie wykonywania symulacji,

zostaną sciągnięte ściągnięte z zewnętrznego repozytorium. Pliki domyślne można obejrzeć i edytować bezpośrednio w portalu przy pomocy odpowiedniego przycisku Edit.

...

Eksperyment uruchomiony z domyślnymi ustawieniami jako rezultat udostępni tylko ostatni plik wynikówy wynikowy z kodu Piernik oraz szereg plików z wizualizacją danych. W celu zebranie zebrania w katalogu LFC wszytkich plików wynikowych należy zaznaczyć polę wyboru Store all data in LFC.

Przed uruchomieniem eksperymentu należy wybrać żądaną liczbę rdzeni obliczeniowych w polu Grid Settings.

Kliknięciem przycisku Run wydajemy polecenie wysłania zadania do wykonania na infrastrukturze PL-Grid. Aktualny stan zadania możemy śledzić w polu Job Execution Status. 

Image Added

Po zakończeniu zadania (Status: finished) wyniki są dostępne po rozwinięciu pola Download job files, natomiast predefiniowane wizualizację pojawiają się w polu Results. Ponadto standardowe wyjście oraz standardowe wyjście błędu (stdout oraz stderr) są dostępne ikonki "notesika" znajdującej się obok statusu zadania, a także w polu Download job files, jako plik output.txt.

Image Added

Zaawansowane użycie

Domyślnie, pliki wynikowe są dostępne do odczytu dla każdego użytkownika mającego uprawnienia do korzystania z katalogu LFC. Jeżeli jest to sytuacja niepożądana istnieje możliwość zmiany uprawnień, np. przy użyciu polecenia lfc-chmod na serwerze UI, bądź korzystając z LFC Catalogue:

Image Added

Zaawansowane użycie

Wybranie w opcji USER z listy Select Problem pozwala uruchomić dowolny problem numeryczny użytkownika, pod warunkiem wysłania poprawnych plików: problem.par, piernik.def, initproblem.F90Ewentualnie jako osobny podrozdział.

Gdzie szukać dalszych informacji?

...

• Strony pomocy dla użytkowników PL-Grid
• Strona główna kodu Piernik