Warning | ||
---|---|---|
| ||
Usługa gLite została wycofana z Infrastruktury PLGrid. |
Table of Contents | ||||
---|---|---|---|---|
|
Użytkownik, który chce zlecać obliczenia za pośrednictwem gLite, powinien aktywować usługę Globalny dostęp gLite oraz jedną (lub więcej) z usług Dostęp do UI, zgodnie ze swoimi preferencjami. .
Ogólne kroki aktywacji usług opisane są w osobnym rozdziale.
Excerpt Include | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
|
Posiadając aktywny dostęp do usługi gLite w wybranej instytucji wybranym ośrodku (Dostęp do UI) użytkownik możne logować się na jej komputer dostępowy (User Interface - UI). Tabela zawiera potrzebne dane do pracy na poszczególnych maszynach. Po zalogowaniu użytkownik ma możliwość korzystania z poleceń linii komend pozwalających na m.in. zarządzanie zadaniami i danymi w Gridzie typu gLite.
...
Nazwa parametru
...
ICM
...
TASK
...
CYFRONET
...
PCSS
...
WCSS
...
Nazwa maszyny
...
ui.plgrid.icm.edu.pl
...
ui.grid.task.gda.pl
...
ui.grid.cyfronet.pl
...
ui.reef.man.poznan.pl
...
ui.plgrid.wcss.wroc.pl
...
Protokół dostępu
...
ssh
...
ssh
...
ssh
...
ssh
...
ssh
...
Port dostępowy
...
22
...
22
...
22
...
22
...
22
...
System operacyjny
...
Scientific Linux 5.5
...
Scientific Linux 5.5
...
Scientific Linux 4
...
Scientific Linux Cern 5.7
...
Scientific Linux Cern 5.8
...
Kontakt
...
plgrid-admins@icm.edu.pl
...
lcg-admin@task.gda.pl
...
cyfronet-lcg2@helpdesk.plgrid.pl
...
egee@man.poznan.pl
...
.
...
Dostęp do lokalnego systemu kolejkowego
...
NIE
...
TAK
...
TAK
...
TAK
...
NIE
Konfiguracje sprzętowe (procesory, węzły obliczeniowe) opisane są na stronie: www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC, a parametry systemów plikowych oraz sposoby ich udostępniania - na stronie: www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/storage.
Logowanie dokładnie opisano w artykule Logowanie. Na osobnym rozdziale. W skrócie, na komputerze z systemem operacyjnym typu Unix należy wykonać polecenie (pamiętając o podmianie plgkowalski
na własny identyfikatornazwę swojego konta, a ui.plgrid.icm.edu.pl
na nazwę jednej z maszyn wymienionych powyżej):
ssh plgkowalski@ui.plgrid.icm.edu.pl
Po zalogowaniu użytkownik ma możliwość korzystania z poleceń linii komend pozwalających na m.in. zarządzanie zadaniami i danymi w gridzie.
...
Code Block |
---|
InputSandbox = {"test.sh", "fileA", "fileB", ...}; |
Po zarejestrowaniu się w vo.plgrid.pl użytkownik może wysłać zadanie testowe.
W wybranym edytorze przygotuj plik job.jdl, który można umieścić/skopiować na maszynie dostępowej gLite (np. ui.cyf-kr.edu.pl)
job.jdl
Code Block |
---|
$ cat job.jdl Executable = "/bin/hostname"; Arguments = "-f"; StdOutput = "job.out"; StdError = "job.err"; OutputSandbox = {"job.out", "job.err"}; |
...
Code Block |
---|
Executable #plik wykonywalny Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania |
Podstawowym poleceniem do generowania certyfikatu proxy dla użytkowników PL-Grid jest:
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl
|
Certyfikaty proxy na UI z KeyFS (tylko Simple CA, tylko UI WCSS i TASK)
Jeśli użytkownik wyeksportował swój klucz prywatny i certyfikat do bazy LDAP PL-Grid, to ma je dostępne na dowolnym UI ze skonfigurowanym keyFS. Aby wygenerować certyfikat proxy na UI korzystając z keyFS, należy wskazać keyFS jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu:
Code Block |
---|
creds keyfs
|
a następnie użyć voms-proxy-init:
Code Block |
---|
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
|
Aby wygenerować certyfikat proxy korzystając z klucza prywatnego i certyfikatu lokalnie (znajdujących się w katalogu $HOME/.globus), należy wskazać jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu local:
Code Block |
---|
creds local
|
a następnie użyć voms-proxy-init:
Code Block |
---|
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
|
Jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu na UI z zainstalowanym keyFS domyślnie ustawiony jest keyFS.
Certyfikat proxy na UI bez keyFS
Aby wygenerować certyfikat proxy na UI bez keyFS, należy upewnić się, że klucz prywatny oraz certyfikat są dostępne w katalogu $HOME/.globus (a jeśli nie, to je tam skopiować) i użyć polecenia voms-proxy-init:
Aby możliwe było utworzenie certyfikatu proxy, konieczne jest posiadanie certyfikatu osobistego (wraz z kluczem prywatnym). Jeżeli został on wygenerowany w portalu, lub też uzyskany inną drogą ale umieszczony w portalu, to powinien być dostępny w wirtualnym systemie plików keyFS. W przeciwnym wypadku należy umieścić w katalogu domowym, podkatalogu .globus poświadczenia w następującej formie:
usercert.pem
oraz klucz w formacie RSA w pliku userkey.pem
(opis uzyskania plików znajduje się w sekcji PKCS12 -> PEM artykułu o certyfikatach) lubusercred.p12
Uwaga! Plik .p12 pobrany z portalu PLGrid zawiera dodatkowo certyfikat CA. Dlatego konieczne jest wykonanie dla niego kroków opisanych w sekcji PKCS12 -> PEM oraz PEM -> PKCS12 w artykułu o certyfikatach, aby uzyskać plik usercred.p12 użyteczny w katalogu .globus.W przypadku posiadania poświadczeń zarówno w LDAP-ie (dostępnych przez keyFS) jak i lokalnie, wyboru między nimi można dokonać poleceniami
Code Block |
---|
creds local |
dla plików z katalogu .globus
oraz
Code Block |
---|
creds keyfs |
dla plików z keyFS (ta opcja jest domyślna).
Podstawowym poleceniem do generowania certyfikatu proxy dla użytkowników PLGrid jest:
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init - |
Code Block |
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
|
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-submit -a job.jdl Connecting to the service https://rb1.cyf-kr.edu.pl:7443/glite_wms_wmproxy_server ====================== glite-wms-job-submit Success ====================== The job has been successfully submitted to the WMProxy Your job identifier is: https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/AgP9eWoJf0l4YMiESWrRow ========================================================================== |
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q ************************************************************* BOOKKEEPING INFORMATION: Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q Current Status: Waiting Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST ************************************************************* |
...
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q ************************************************************* BOOKKEEPING INFORMATION: Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q Current Status: Done (Success) Exit code: 0 Status Reason: Job terminated successfully Destination: ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST ************************************************************* |
Otrzymane pliki można np. ściągnąć na maszynę dostępową do katalogi katalogu output *
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-output --dir output https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q Connecting to the service https://149.156.9.29:7443/glite_wms_wmproxy_server ================================================================================ JOB GET OUTPUT OUTCOME Output sandbox files for the job: https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q have been successfully retrieved and stored in the directory: /home/people/.../.../job1/output ================================================================================ $ cd output/ $ ls job.err job.out |
Po dalsze informacje na temat korzystania z gLite zapraszamy do następnego rozdziału.