Child pages
  • Bioinformatyka: Analiza Danych Genetycznych
Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Krótki opis usługi

Usługa pozwala na uruchomienie sekwencji programów służących do analizy danych bioinformatycznych uzyskanych z sekwenatora genomowego. Programy, które mogą zostać uruchomione w kaskadzie zadań przetwarzających dane, to: GS Run Processor, GS Reference Mapper, GS Reporter, GS Assembler, BLAST. Przygotowanie obliczeń (podanie odpowiednich parametrów) odbywa się w graficznym kliencie środowiska UNICORE (UNICORE Rich Client).

Dane do analizy mogą być przesyłane na grid przez użytkownika z wykorzystaniem metody "przeciągnij i upuść", bądź za pomocą skryptu. W pierwszym przypadku, przed rozpoczęciem korzystania z usługi bardzo prosimy o zapoznanie się z prezentacją: o składowaniu danych poprzez UNICORE. Jeśli natomiast dane miałyby być kopiowane z komputera podłączonego do sekwenatora za pomocą skryptu, prosimy o kontakt poprzez system pomocy Helpdesk: bioinformatyka@helpdesk.plgrid.pl

Usługa skierowana jest przede wszystkim do naukowców dysponujących sekwenatorem genomowym GS FLX (454 Life Sciences).

Aktywowanie usługi

Aby skorzystać z usługi należy mieć konto w projekcie PL-Grid (Zakładanie konta w portalu PL-Grid) wraz z aktywnym grantem (Granty obliczeniowe). Oprogramowanie uruchamiane jest za pośrednictwem systemu UNICORE, niezbędne jest zatem również zaaplikowanie o usługę UNICORE (Uruchamianie zadań przez UNICORE).

Ograniczenia w korzystaniu

Osoby, które chcą skorzystać z usługi Analizy Danych Genomowych muszą posiadać licencję na oprogramowanie firmy Roche (GS Run Processor, GS Reference Mapper, GS Reporter, GS Assemble). Zazwyczaj licencja ta jest udostępniana przy zakupie urządzeń sekwencjujących (np. High-throughput GS FLX Instrument - Roche Diagnostics).

Pierwsze kroki

W celu rozpoczęcia korzystania z usługi należy upewnić się, że wykonane zostały następujące czynności:

  1. Założenie konta w Portalu PL-Grid (Zakładanie konta w portalu PL-Grid)
  2. Aktywacja usługi: Globalny dostęp UNICORE
  3. Aktywacja usługi: Analiza Danych Genetycznych
  4. Po aktywacji usługi prosimy o utworzenie zgłoszenia w systemie Helpdesk (https://helpdesk.plgrid.pl). Dalszy kontakt z użytkownikiem, np. ustalenie sposobu okazania licencji, uzgadniany będzie z operatorem usługi poprzez to zgłoszenie.  

Przykłady wykorzystania usługi

Przykład pracy z kaskadą zadań przygotowaną dla usługi zobaczyć można w prezentacji: AnalizaDanychGenetycznych.pdf

Uzupełnienie prezentacji (o program Blast) znaleźć można w pliku: AnalizaDanychGenetycznych2.pdf

Rozpoczęcie pracy ułatwić może również zapoznanie się z systemem UNICORE: http://alfred.mat.umk.pl/unicore.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Pytania prosimy zadawać poprzez system pomocy: https://helpdesk.plgrid.pl (kolejka "Bioinformatyka")